Les régions de Kanto et Johto vivaient sous le joug de la Team Rocket, organisation criminelle visant à conquérir le monde à l'aide de pokémon légendaires et d'autres, créés des suites de leurs expériences malsaines. Leur projet fut cependant mis à mal par le courage de nombreux champions d'arènes et de dresseurs dont le légendaire Red et ses amis. Certains membres de l'ex-organisation s'allièrent même avec eux afin d'abattre le terrifiant Conseil des 4, un groupe de dresseurs à la puissance inouïe désirant détruire l'humanité afin de rendre le monde aux seuls pokémon. Ces deux groupes disparurent donc dans le néant, laissant ces deux régions dans une paix relative.


Quelques temps plus tard, un groupuscule sévissant dans la lointaine région de Sinnoh parvint à mettre la main sur des pokémon capables de manipuler le temps et l'espace. Bien que leur plan fut mis en échec, il aboutit tout de même à de grandes modifications géographiques des régions de Kanto et Johto qui furent ravagées par cet incident. Par ailleurs, les professeurs Chen et Orme parti en étudier les conséquences n'en sont jamais revenus. C'est donc au professeur Keteleeria qu'il incombe de gérer les recherches au sein des deux régions avec la précieuse aide du professeur Platane dont elle fit la rencontre dans des circonstance assez étranges. En effet, des rumeurs disent qu'il aurait trouvé la jeune femme, fort peu vêtue et suspendue à une branche, alors qu'elle était attaquée par un troupeau de Teddiursa en rut. N'écoutant que son courage, il se serait armé d'un pot de miel (connu pour être le seul point faible de ces oursons) ...afin de les assommer! Les deux professeurs ont depuis décidé de travailler main dans la main afin d'effectuer des recherches dans les deux régions.

Récemment, la Team Rocket semble faire son grand retour dans les deux régions avec un nouvel objectif: s'emparer du pokémon Arceus, dieu de tous les monstres de poche. Bien sûr, elle se montre plutôt effacée pour l'heure bien qu'elle commence déjà à prendre le contrôle de certaines villes de façon discrète, et à commettre divers forfaits à commencer par le commerce de pokémon. Certaines rumeurs prétendent également qu'ils auraient recommencé les expériences de manipulation génétique en s'attaquant cette fois-ci à des humains. Cela sans doute pour but de "créer" des gijinka ces créatures mi-humaines mi-pokémon capables de les comprendre et parfois même d'imiter leurs capacités. Rien ne confirme cependant ces ragots sordides et l'attention des champions d'arène semble davantage tournée vers le "nouveau" Conseil des 4 qui -bien qu'il dit être à la recherche d'adversaires parmi les dresseurs les plus puissants- pourrait dissimuler d'autres objectifs plus sombres. Les champions d'arène ne souhaitant, pas que les événements de l'Ile Sulfur se réitèrent, ont donc décidé de rentrer en guerre contre le Conseil des 4.